İsminden de anlaşılacağı üzere mazisi (M.Ö. 333) Büyük İskender’e dayanan bölgenin inşa imtiyazı 1909 yılında Anadolu – Bağdat Demiryolları Kumpanyasına verilmiştir. Bağdat Demiryolları Kumpanyasının; 1. Dünya Savaşı sonunda Fransa Hükümeti tarafından haczedilmesi üzerine; limanın inşa imtiyazı 1918 yılında İskenderun Limanı Fransız Şirketi’ne verilmiştir.
Fransız Şirketi, bugün iç liman tabir edilen ve mavnaların barınmasına yarayan kısmın inşasına başlamıştır. 1927 yılında küçük limanın doğu ve batı mendireklerini ve güney rıhtımı denilen 200 m.’lik küçük vasıta rıhtımını inşa ettikten sonra Hatay Devleti kurulmuş ve Ana Vatana ilhak etmiş ve 3714 sayılı Kanun gereği Liman, rıhtım Devlet Limanları İşletmesi Umum Müdürlüğü'ne devredilmiştir.
14.08.1942 tarih ve 4301 sayılı Kanunla Devlet Demiryolları İdaresi’ne fiilen devredilen liman 1944 yılında büyük iskele ile genişletilmiş, 1953 – 1956 yılları arasında mekanik teçhize ve tesislerle takviye edilerek modern bir liman haline getirilmiştir. Limanın gelişimine 1964 yılında da devam edilmiş, rıhtım üst yapı inşaatı 1972 yılında ikmal edilerek bütün tesisleri ile birlikte aynı yıl hizmete girmiştir.
Kuruluşumuz tarafından işletilen İskenderun Limanı, Özelleştirme Yüksek Kurulu’nun 30.12.2004 tarih ve 2004/128 sayılı kararı ile “ İşletme Hakkının Devri” yöntemi ile özelleştirme kapsamına alınmış olup, yapılan ihale sonucunda, 372.000.000.- ABD Doları bedelle ihaleyi kazanan şirketimize, 30.12.2011 tarihinde 36 yıl süreyle işletilmek üzere devredilmiştir.
Devir ile beraber Ocak 2012’de İskenderun Limanı’nı modern bir konteyner limanına dönüştürülmesine yönelik olarak yatırım çalışmalarına başlanmıştır.
Yatırım çalışmaları kapsamında, ekonomik ömrünü tamamlamış rıhtım yapıları, stok sahaları, yollar, liman giriş çıkışları ve depolar ve tüm binalar yıkılarak yeniden inşa edilmiş, liman operasyonlarına yönelik yeni rıhtım ve terminal vinçleri tedarik edilmiştir. Ayrıca limanda tarama çalışmaları yapılarak draftı 14.50 – 15.00 mt ye kadar gemilerin yanaşmasına imkan tanınmıştır. Yatırım çalışmaları sonucunda İskenderun limanı modern ve gelişmiş bir liman haline getirilmiştir.
Liman, faaliyetlerine Limak İskenderun Uluslararası Liman İşletmeciliği A.Ş. adı altında devam etmektedir.
TCDD, İşletme Hakkının devrine İlişkin İmtiyaz Sözleşmesinin ilgili hükümleri çerçevesinde kendisine tanınan gözetim ve denetime ilişkin görev ve yetkilerini TCDD İskenderun Liman İşletmesi Kontrol Müdürlüğü aracılığıyla yerine getirmektedir.